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De todas formas por aclarar a qué carpeta te refieres cuando hablas de la carpeta del juego? 

A la carpeta donde instalas el juego, por default es 'C:\Program Files (x86)\Gaelco Multimedia\PCFUTBOL 2006\'

He revisado los pasos y los he hecho bien. Pincho en manager.exe y no pasa nada. Entro en propiedades, compatibilidad y cambio la versión que quiero que abra y me pide que entre como administrador. Aunque le dé como administrador no me deja y en otras versiones no me lo pide pero le doy y no pasa absolutamente nada, no se abre.

Si al intentar ingresar al juego no pasa nada (o sea ni error ni nada) es porque no remplazaste el Manager2006.exe original por el crackeado.

Cuando instalo el CD original no me deja meter el manager.ini en la carpeta del juego porque pone que esos archivos se ponen a la cola para pegar en el CD y también me pide permisos de administrador para hacerlo y no me deja. Que debo hacer? Copiar el CD entero y pegarlo en una carpeta del ordenador?

Es que en el CD no tienes que (ni puedes) meter nada! el CD sólo sirve para instalar el juego. Luego el resto de los archivos se copian dentro de la carpeta de instalación.

Creo que voy a borrar todo y a empezar desde el principio con el cd original siguiendo vuestros pasos poco a poco. Lo único que creo que no tengo claro del todo es donde debo meter el manager.ini puesto que en el cd no me deja meter nada.

A estas alturas ya tenemos bastante claro el origen de tus problemas. Tú sigue los pasos tal cual los describo en los primeros mensajes de este tema (instalar el juego, instalar los parches, copiar Manager2006.exe y manager.ini en 'C:\Program Files (x86)\Gaelco Multimedia\PCFUTBOL 2006\') y el juego tiene que funcionar.

He conseguido acceder al juego solo que cuando llego al menú principal me sale que la aplicación ha fallado y me pone el siguiente mensaje despues: runtime error r6205 puré virtual function call

Que debo hacer ahora?