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No se soluciona haciendo Alt + tab?

De todas maneras si estás usando una máquina virtual no deberías andar tomándote la molestia de editar el manager.ini y otras cuestiones. Justamente esa es la gracia de usar una VM, jugar como si estuvieras usando una PC de esa época.

Y como bien dijo Pablinho, el PC Fütbol 7 funciona bien en Windows 10, inclusive el simulador.

 Gracias por la ayuda, no había probado Alt+Tab, ahora he conseguido que funcione en la pantalla principal pero a continuación en la siguiente pantalla vuelven a fallar los colores y Alt+Tab ya no lo soluciona.

La verdad es que no tengo ningún windows instalado, solo linux, por eso utilizo una VM de winXP,

voy a probar a desinstalar y reinstalar PCF de nuevo a ver si lo hago funcionar 

Puedes probar a llegar a "oscuras" a la partida que tienes, cargarla a oscuras... y una vez dentro de tu partida (que verás a oscuras) usar el Alt+Tab.

Es decir, usar el Alt+Tab solo una vez, dentro de la partida.

En mis tiempos mozos, usaba el botón de Windows, para que saliera el escritorio del Windows y se minimizara el juego. Desde ahí volvía a entrar y se veía bien.